Erudito e paleografo francese, studiò all'università di Reims e pochi anni dopo entrò nel seminario della città. Le opere di Mabillon Annales Ordinis sancti Benedicti ab anno 480 ad annum 1157 e De re diplomatica libri sex posero i fondamenti scientifici per lo studio della paleografia e della numismatica. Nel 1685 Mabillon partì per l'Italia insieme a Michel German e nei quindici mesi di permanenza andò alla ricerca d'antichi manoscritti nelle più importanti biblioteche italiane. Risultato di questo viaggio è l'opera Museum Italicum seu collectio veterum scriptorum ex bibliothecis italicis (Paris, Martin-Boudot-Martin 1687-89), che contiene sia i documenti trovati da Mabillon che un'accurata ed erudita descrizione dei monumenti presenti in Italia. Negli ultimi anni della sua vita si recò a Tours e ad Angers per raccogliere documenti concernenti la sua opera più rilevante - gli Annales de l'ordre de Saint Benoit - rimasta incompiuta.