Compì la sua formazione presso i Gesuiti di Porrentruy, specializzandosi principalmente in materie a carattere filosofico e umanistico. Intorno al 1736 divenne il precettore privato del principe di Turenne, futuro duca di Bouillon. Fu proprio per accompagnare i nipoti del duca che compì il viaggio in Italia, di cui abbiamo un interessante resoconto - redatto in forma epistolare - in Voyage d'Italie par m. l'abbé Coyer... (Paris, Duchesne 1776). La parte più originale dell'opera risulta quella conclusiva, intitolata Vue générale sur l'Italie, dove Coyer oltre a descrivere le bellezze monumentali del paese, si sofferma sugli usi e costumi degli italiani. L'abate Coyer scrisse diverse opere vicine alla corrente dei philosophes: da ricordare la pubblicazione, nel 1756, del volume Noblesse commerçante. L'opera può essere classificata come un importante trattato a carattere storico-economico, grazie alla ricostruzione di vicende storiche esemplari che portano a dimostrare l'origine mercantile di gran parte del ceto nobiliare europeo.